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    PCR反應(yīng)體系組份介紹
  • 發(fā)布日期:2025-04-21      瀏覽次數(shù):171
    •       PCR反應(yīng)體系由反應(yīng)緩沖液(PCR Buffer)、脫氧核苷三磷酸底物(dNTP mix)、耐熱DNA聚合酶(Taq 酶)、寡聚核苷酸引物(Primer1,Primer2)、靶序列(DNA模板)五部分組成。各個(gè)組份對(duì)PCR結(jié)果至關(guān)重要。

      1. 反應(yīng)緩沖液:一般隨Taq DNA聚合酶試劑盒供應(yīng)。

      標(biāo)準(zhǔn)緩沖液含:50mM KCl,10mM Tris-HCl(pH8.3,室溫),1.5mM MgCl2。Mg2+的濃度對(duì)反應(yīng)的特異性及產(chǎn)量有著顯著影響;濃度過高,使反應(yīng)特異性降低;濃度過低,使產(chǎn)物減少。在各種單核苷酸濃度為200 μM時(shí),Mg2+為1.5 mM較合適。若樣品中含EDTA或其它螯合物,可適當(dāng)增加Mg2+的濃度,在高濃度DNA及dNTP條件下進(jìn)行反應(yīng)時(shí),也必須相應(yīng)調(diào)節(jié)Mg2+的濃度。據(jù)經(jīng)驗(yàn),一般以1.5-2mM(終濃度)較好(僅供參考)。

      2. dNTP :高濃度dNTP易產(chǎn)生錯(cuò)誤摻入,過高則可能不擴(kuò)增;但濃度過低,將降低反應(yīng)產(chǎn)物的產(chǎn)量。PCR中常用終濃度為50-400 μM的dNTP。四種脫氧三磷酸核苷酸的濃度應(yīng)相同,如果其中任何一種的濃度明顯不同于 其它幾種時(shí)(偏高或偏低),就會(huì)誘發(fā)聚合酶的錯(cuò)誤摻入作用,降低合成速度,過早終止延伸反應(yīng)。此外,dNTP能與Mg2+結(jié)合,使游離的Mg2+濃度降低。因此,dNTP的濃度直接影響到反應(yīng)中起重要作用的Mg2+濃度。

      3. Taq DNA聚合酶:在100μL反應(yīng)體系中,一般加入2-4U的酶量,足以達(dá)到每min延伸1000-4000個(gè)核苷酸的摻入速度。酶量過多將導(dǎo)致產(chǎn)生非特異性產(chǎn)物。但是,不同的公司或不同批次的產(chǎn)品常有很大的差異,由于酶的濃度對(duì) PCR 反應(yīng)影響極大,因此應(yīng)當(dāng)作預(yù)試驗(yàn)或使用廠家推薦的濃度。當(dāng)降低反應(yīng)體積時(shí)(如20μL或 50 μL),一般酶的用量仍不小于2U,否則反應(yīng)效率將降低。

      4. 引物:引物是擴(kuò)增PCR結(jié)果的關(guān)鍵,引物設(shè)計(jì)在PCR反應(yīng)中極為重要。要保證PCR反應(yīng)能準(zhǔn)確、特異、有效地對(duì)模板DNA進(jìn)行擴(kuò)增,通常引物設(shè)計(jì)要遵循以下幾條原則:

      (1)引物的長(zhǎng)度以15-30 bp為宜,通常設(shè)計(jì)長(zhǎng)度為17-25bp;GC含量在40-60%(最好在45-55%);兩條引物的Tm值應(yīng)盡量接近,可以采用專用軟件來計(jì)算(Primer Premier 5);盡量避免A/G或T/C的連續(xù)排列,局部避免GC rich或AT rich(特別是3’端),堿基的分布應(yīng)表現(xiàn)出是隨機(jī)的。

      (2)互補(bǔ)性,引物內(nèi)部或兩條引物之間避免3個(gè)堿基以上的互補(bǔ)序列,引物末端避免2base以上的互補(bǔ)序列。引物的3’端不應(yīng)與引物內(nèi)部有互補(bǔ),避免引物內(nèi)部形成二級(jí)結(jié)構(gòu),兩個(gè)引物在3’端不應(yīng)出現(xiàn)同源性,以免形成引物二聚體。3’端末位堿基(最好是G或C,避免為T)在很大程度上影響著Taq酶的延伸效率。

      (3)引物濃度不宜偏高,濃度過高有兩個(gè)弊端:一是容易形成引物二聚體(primer-dimer),二是當(dāng)擴(kuò)增微量靶序列并且起始材料又比較粗時(shí),容易產(chǎn)生非特異性產(chǎn)物。一般說來,用低濃度引物不僅經(jīng)濟(jì),而且反應(yīng)特異性也較好。一般用0.25-0.5pM/μL較好。

      (4)引物一般用TE配制成較高濃度的母液(約100 μM),保存于-20 ℃。使用前取出其中一部分用ddH2O配制成10 μM或20 μM的工作液。

      5.模板:PCR對(duì)模板的要求不高,單、雙鏈DNA均可作為PCR模板。雖然 PCR 可以微量的樣品(甚至是來自單一細(xì)胞的DNA)作為模板,但為了保證反應(yīng)的特異性,一般還宜用μg水平的基因組DNA或 拷貝數(shù)較高的待擴(kuò)增片段作為起始模板。原材料可以是粗制品,某些材料甚至僅需用溶劑一步提取之后即可用于擴(kuò)增,但混有任何蛋白酶、核酸酶、Taq DNA 聚合酶抑制劑以及能結(jié)合 DNA 的蛋白,將可能干擾PCR反應(yīng)。

      6. PCR循環(huán)加快,即相對(duì)減少變性、復(fù)性、延伸的時(shí)間,可增加產(chǎn)物的特異性。

      四、注意事項(xiàng):

      1.PCR應(yīng)該在沒有DNA污染的干凈環(huán)境中進(jìn)行,最好設(shè)立一個(gè)專用的PCR配制室、模板室、擴(kuò)增室,避免污染(16S)。

      2.純化模板所選用的方法對(duì)污染的風(fēng)險(xiǎn)有極大影響。一般而言,只要能夠得到可靠的結(jié)果,純化的方法越簡(jiǎn)單越好。

      3.所有試劑都應(yīng)該沒有核酸和核酸酶的污染,操作過程中均應(yīng)戴手套。

      4.PCR試劑配制應(yīng)使用最高質(zhì)量的新鮮雙蒸水,采用0.22μm濾膜過濾除菌或高溫高壓滅菌。

      5.試劑都應(yīng)該以大體積配制,然后分裝成僅夠一次使用的量?jī)?chǔ)存,從而確保實(shí)驗(yàn)與實(shí)驗(yàn)之間的連續(xù)性與平行性。

      6.試劑或樣品準(zhǔn)備過程中都要使用滅菌的tubes和tips,玻璃器皿應(yīng)洗滌干凈并高壓滅菌。

      7.PCR配制試劑應(yīng)在冰上融化,并且要瞬離并充分混勻。




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